La vinculación con el sector social y productivo ha sido una actividad sumamente importante para el Departamento. Esto se demuestra desde 1987 con la creación de la Reserva de la Biosfera Sierra de Manantlán (RBSM) y actualmente en la conformación del Consejo Asesor del área natural protegida. También por la conformación de la Junta Intermunicipal de Medio ambiente para la Gestión Integral de la cuenca Media del Río Ayuquila, que tiene su área de influencia en 10 municipios de la región. También se ha desarrollado un programa piloto a nivel nacional, para el proyecto REDD+ (Reducción de Emisiones por Deforestación y Degradación), enfocado a la captura de carbono con apoyo a nivel internacional y donde la Universidad de Guadalajara y la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), participan generando los indicadores para su monitoreo en las comunidades de la región. Se participan en campañas de reciclaje de Residuos Electrónicos, se realizan eventos conmemorativos en temas de medio ambiente, donde el “Coloquio Internacional sobre Biodiversidad, Recursos Naturales y Sociedad“ es un ejemplo importante, el cual está ya institucionalizado dentro de la programación de la FIL-Guadalajara, y cuenta con tres ediciones.
El apoyo a las comunidades Wirarika ha dado soporte a través de sus investigadores en dos procesos, uno participando en la Mesa Técnica-Ambiental del Frente en Defensa de Wirikuta- TamatsimaWahaay, de un grupo de científicos e investigadores asesores con gran trayectoria nacional e internacional, respecto al Estudio Previo Justificativo para la Creación de la Reserva de la Biósfera de Wirikuta, publicado por el gobierno federal mexicano a través de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP); y el segundo aspecto fue fungiendo como perito ambiental a solicitud de un juez federal en apoyo de la comunidad Wirarika de Santa Catarina Cuexcomatitlán, en relación con la fallida construcción de la carretera Bolaños-Huejuquilla, que se hizo sobre poco más de 19 kilómetros de la comunidad huichola, sin contar con la anuencia de ésta ni con los permisos ambientales requeridos. CUCSUR Limpio, propuesto por investigadores del Departamento es un programa desarrollado para incentivar un centro que se preocupa por su limpieza y por la reutilización de sus residuos.
También con propósitos de preservar la salud e incentivar el ahorro de energía, se arrancó como parte de un programa universitario del CUCSUR el “Bicicletón Universitario” y la creación del Club Universitario de Ciclistas. Tres estrategias de divulgación y educación ambiental muestran nuestro compromiso con la sociedad, estas se hacen realidad con programas de radio, dos en Radio U de G; Mitos y Realidades, y Agenda 21 y uno en la radio Comercial, XELD Radio Costa, Ecos de la Naturaleza. Desde 1984 se cuenta con un área natural protegida en el corazón de Sierra de Manantlán, llamada Estación Científica Las Joyas, donde se han trazado senderos interpretativos para la educación sobre la biodiversidad y la valoración de los recursos naturales con gran afluencia de visitantes procedentes de centros educativos y público en general, que de manera directa aprecian lo que benefician los ecosistemas protegidos. Además de ser fundamentales en la investigación de corto y largo plazo en materia ecológica.