La estructura de gobierno del Departamento de Ecología y Recursos Naturales-IMECBIO está conformada, de acuerdo con la normatividad universitaria vigente (Capitulo Sexto, artículos 47 y 48 del Estatuto Orgánico del CUCSUR y Capítulos VII y VIII del Título Quinto de la Ley Orgánica de la Universidad de Guadalajara), por un Colegio Departamental presidido por el Jefe de Departamento, los Jefes de Laboratorio y los Presidentes de Academia con voz y voto. Pero también participan la Jefatura de la Estación Científica Las Joyas y la Administración, solo con voz. El número de Laboratorios son siete, las Academias cinco, una unidad de vinculación y una unidad administrativa. En respuesta a las políticas de la SEP, el departamento cuenta con siete cuerpos académicos, dos consolidados, cuatro en formación y uno en consolidación.