El Departamento de Ecología y Recursos Naturales-IMECBIO, atiende programas educativos a nivel licenciatura y posgrado. En tres programas tinen una incidencia importante, la Licenciatura en Ingeniería en Recursos Naturales y Agropecuarios (IRNA), la Maestría en Manejo de Recursos Naturales (MIRN) y el Doctorado en Biosistemática, Ecología y Manejo de Recursos Naturales y Agrícolas (BEMARENA) orientación en Ecología y Recursos Naturales. El doctorado es un programa intercentros que se oferta también en el Centro Universitario de Ciencias Biológico Agropecuarias (CUCBA) y el Centro Universitario de la Costa con sede en Puerto Vallarta.